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（1）分子量測定根據(jù)層析柱的容積和所選用的凝膠溶脹后柱床容積，計算所需凝膠干粉的重量，以將用作洗脫劑的溶液使其充分溶脹。
（2）層析柱粗細必須均勻，柱管大小可根據(jù)實際需要選擇。一般來說，細長的柱分離效果較好。若樣品量多，最好選用內(nèi)徑較粗的柱，但此時分離效果稍差。柱管內(nèi)徑太小時，會發(fā)生“管壁效應(yīng)”，即柱管中心部分的組分移動慢，而管壁周圍的移動快。柱越長，分離效果越好，但柱過長，實驗時間長，樣品稀釋度大，分離效果反而不好。
用于脫鹽的柱一般都是短而粗，柱長（L）/直徑（D）＜10；對分級分離用的柱，L/D值可以比較大，對很難分離的組分可以達到L/D=100，一般選用內(nèi)徑為1cm，柱長100cm就夠了。
（3）分子量測定各接頭不能漏氣，連續(xù)用的小乳膠管不要有破損，否則造成漏氣、漏液。注意恒壓瓶內(nèi)的排氣管應(yīng)無液體，并隨著柱下口溶液的流出不斷有氣泡產(chǎn)生，則表示恒壓瓶不漏氣。操作過程中，層析柱內(nèi)液面不斷下降，則表示整個系統(tǒng)有漏氣之處，應(yīng)仔細檢查并加以糾正。
（4）裝柱要均勻，不過松也不過緊，最好也在要求的操作壓下裝柱，流速不宜過快，避免因此而壓緊凝膠。但也不宜過慢，使柱裝得太松，導(dǎo)致層析過程中，凝膠床高度下降。
（5）始終保持柱內(nèi)液面高于凝膠表面，否則水分揮發(fā)，凝膠變干。也要防止液體流干，使凝膠混入大量氣泡，影響液體在柱內(nèi)的流動，導(dǎo)致分離效果變壞，不得不重新裝柱。
（6）樣品溶液的濃度和粘度要合適。濃度大，自然粘度增加。一個粘度很大的樣品上柱后，樣品分子因運動受限制，影響進出凝膠孔隙，洗脫峰形顯得寬而矮，有些可分離的組分也因此重疊。
（7）洗脫用的液體應(yīng)與凝膠溶脹所用液體相同，否則，由于更換溶劑引起凝膠容積變化，從而影響分離效果。
（8）操作壓過大可使流速變慢，此外還可以導(dǎo)致凝膠膠面下降，柱床容積的改變，相應(yīng)測出Vt，Vo，Ve等也改變，造成實驗結(jié)果的誤差。
（9）由于葡聚糖凝膠為糖類化合物，并且一定要在液相中操作，所以有必要注意防止發(fā)霉與生長細菌。一般可用0.02%的疊氮鈉（NaN3）溶液，它極易溶于水，不與蛋白質(zhì)和糖反應(yīng)，也不改變它們的層析效果，也可用0.002%的洗必泰（hibitane）溶液。在弱酸性溶液中，可用0.05%（或0.01%—0.02%）三氯丁醇溶液，但它在強堿性溶液或加熱到60℃以上時就要分解。在弱堿性溶液中也可用0.01%乙酸汞溶液防腐消毒。一般不用氯仿、丁醇、甲苯等為防腐劑。因為它們能引起凝膠顆粒的收縮，同時還能進入層析儀器的塑料部件，使塑料變軟，造成不良后果。
（10）分子量測定使用部分收集器時，將其轉(zhuǎn)盤調(diào)節(jié)到最外圈，從第一管開始，否則會造成轉(zhuǎn)換臂的轉(zhuǎn)動與轉(zhuǎn)盤不同心，以致洗脫液流到管外。
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